Programmet for restaurering av skipet og opprettelse av et museum rundt det, utviklet av fondseieren av klipperen i samarbeid med arkitekten Nicholas Grimshaw, skulle fullføres i år. Men i mai 2007 ble Cutty Sark alvorlig skadet av brann, så åpningen for besøkende blir utsatt til 2010. Samtidig fortsetter arbeidet med restaurering av skipet og etableringen av en ny museumsstruktur rundt det. Det er ment å henge skroget på kabler, og på nivået med vannlinjen for å installere et glastak som overlapper tørrdokken, som har huset skipet siden 1954 - da det ble forankret i Greenwich. Dermed vil det opprettes et nytt utstillingsområde under Cutty Sark, som også vil beskytte klipperhudens tre: mens skipet var i åpen dock, ble det betydelig skadet av råtnende bakterier, og metalldelene dekket av rust.
Fjorårets brann ble en alvorlig hindring for gjennomføringen av prosjektet: på grunn av dette økte programbudsjettet, som var 25 millioner pund, med ytterligere 10 millioner uforutsette.
Men takket være en donasjon på £ 3,3 millioner fra den israelske filantropen Sammi Ofer, som tjente i den britiske marinen under andre verdenskrig, vil skipet og museet åpnes igjen våren 2010.
Ofer donerte også £ 20 millioner til National Maritime Museum i Greenwich for bygging av en ny fløy.
