Bygningen ligger ved foten av fjellet som Akropolis ligger på. På grunn av områdets særegenheter er det orientert langs øst-vest aksen, men Parthenon Gallery er opptatt av hele øvre, tredje etasje, i kraft i forhold til hovedvolumet av bygningen og vender mot nord. Dette gjorde det ikke bare mulig å delvis løse problemet med overoppheting i varme klimaer, men også visuelt forbundet hallen med skulpturene som en gang prydet fasadene til det store tempelet, med selve Parthenon, som ligger mindre enn 300 meter fra museet. Den dynamiske effekten av denne løsningen fyller bygningen med energi; i dette kan man se en viss symbolsk betydning: det ser ut til å vende seg til Akropolis, til fortiden, som tilsvarer det politiske budskapet fra den greske regjeringen i den nye bygningen: la oss skru tilbake klokken og bringe monumentet tilbake til sitt opprinnelig tilstand (eller i det minste bringe alle delene sammen nå lagret i London, Paris, Palermo, Roma).
Slik retorikk kunne ha påvirket det arkitektoniske prosjektet: selv etter seieren til Chumis versjon i konkurransen i 2001, var det mange tilhengere av den nyklassisistiske utformingen av museumsbygningen i Hellas. Imidlertid gir det veldig diskrete volumet av glass, betong og marmor et mye mer diskret bakteppe for en samling skulpturer fra den arkaiske perioden til romertiden enn en slags "historiserende" struktur.
På grunn av at restene av en bykvarter fra eldgamle tider ble funnet under bygningen, ble det besluttet å heve den over bakken på 100 betongstøtter med "hengsler", som skulle dempe vibrasjoner i tilfelle et mulig jordskjelv; ved første øyekast er de ordnet tilfeldig, men i virkeligheten - for ikke å skade de arkeologiske funnene. Fundamentet til gamle hus kan sees gjennom åpningene og de innglassede områdene i gulvet i museets første etasje, hvor forhallen og salene til midlertidige utstillinger ligger. Derfra går den besøkende opp til andre etasje, hvor alle utstillingene er utstilt, bortsett fra Parthenon-skulpturene, og det er også en åpen terrasse med kafé. Tredje etasje med "Parthenon Gallery" er et rektangulært glassert rom, i midten av det er et betongvolum, som gjentar størrelsen på templets cella. Den berømte frisen med den panatheniske prosesjonen er gjenskapt på den fra originale deler og kaster.
Den seriøse atmosfæren til "kunstens tempel" i museet vil fortsette til tross for det forventede enorme antall besøkende: støyen vil bli absorbert av de mange sirkulære hullene i betongveggene. I tillegg til fraværet av dekor, er antall skilt og etiketter redusert til det nødvendige minimum: ingenting skal distrahere fra utstillingene. En gjennomtenkt rute vil lette inspeksjonen av samlingen: fra de arkeologiske utgravningene under bygningen til den arkaiske skulpturen i andre etasje, deretter til Parthenon Gallery på den tredje, og deretter ned til verkene til den hellenistiske og Romerske perioder.
