Butikken ligger i Brurenkerk - tempelet til det dominikanske klosteret, bygget på 1400-tallet. Selv om bygningen har opphørt å være en kirke, er den fortsatt et verdifullt historisk monument. Derfor kan alle "innovasjoner" knyttet til bokhandelen demonteres når som helst uten å berøre bevaringen.
Butikklokalet på ca 700 m2 ligger hovedsakelig i sideskipet. Derfor blir kirkens hovedrom, det sentrale skipet, fortsatt oppfattet som en helhet - med et orgel fra 1821 på østveggen og et glassmaleri designet av den norske kunstneren Kjell Nupen fra vest. Imidlertid fant de også kommersiell bruk: Waanders In de Broeren-butikken er et fasjonabelt etablissement, så det selges ikke bare bøker der, men det er også en kafématlaging, som ble satt opp i koret.
For å matche tonen i det historiske interiøret, begrenset arkitektene fargevalget til tre nyanser av tre og hvitt gips. En slik tilbakeholdenhet tjener også handelsinteresser ved å fremheve fargerike bøker og blader.
Tre etasjer ble bygget inn i sideskipet, så arkitektene prøvde å løse den vanlige oppgaven for fleretasjes butikker - å lokke kunder helt til topps. For å gjøre dette stiger en mild todelt trapp parallelt med 11 meter bokhyller, derfor oppfattes den ikke engang av besøkende som et sirkulasjonsrom. Ovenpå venter en belønning på dem: et utstillingsområde under selve buene, som for første gang kan sees på nært hold, uten å klatre på stillaset.
