Naturalis Biodiversity Center er arvingen til Natural History Museum, grunnlagt etter ordre fra kong Willem I i Nederland i 1820. Siden den gang har det gjennomgått flere transformasjoner, hvorav den viktigste skjedde tidlig på 2010-tallet: Zoological Museum of universitetet i Amsterdam og National Herbarium, en av de største i verden. Som et resultat har det oppstått et utdannings- og forskningssenter, hvis samling (42 millioner gjenstander) er en av de fem største naturvitenskapelige samlingene på planeten.
Samtidig vokste populariteten til "Naturalis" blant allmennheten bare, med 400 000 mennesker der hvert år, så bygningen som åpnet i 1998, måtte utvides og bygges omgående. Arkitektene til Neutelings Riedijk har plassert et romslig atrium i sentrum, som forbinder eksisterende lager og administrative lokaler med det nye museet og moderne laboratorier for mer enn 200 forskere. Det totale arealet til institusjonen er 38.000 m2, hvorav 18.000 m2 er gjenoppbygging, og 20.000 er nybygg.
Atriumets fasade er en betongprydesammensetning av ovaler og trekanter, som minner om strukturen til molekyler. Det samme mønsteret er plassert på gulvene. Innvendig er den kledd i rød travertin, ispedd 263 betongpaneler designet av motedesigner Iris van Herpen. Den hvite betongen har fått glattheten av silke for å fremkalle de futuristiske van Herpen-kjolene, og mønstrene er inspirert av gjenstander fra Naturalis-samlingen. Den samme stripete strukturen er på fasadene til bygningen.
Sammen med de skinnende krystallene av travertin skaper de hvite panelene inntrykk av kontrasterende steinlag. Likheten forbedres av den sti-lignende avsmalnende stien gjennom atriet - fra utstillingshallen og laboratorier på bakkenivå til galleriene i øverste etasje.
Atriet er også dekorert med verk av designeren Tord Boontje. Vanligvis arbeider han med møbler, lamper og mønstrede stoffer, og for Naturalis har han laget nesten hundre veggpaneler "om underverkene i naturen", og kombinerer grafiske og fotomotiver.
