Ombyggingsprosjektet ble sponset av spanjolene Cruz y Ortiz, utstillingen ble designet av Jean-Michel Wilmotte, og restaureringen ble utført av Van Hoogevest Architecten. Arkitektenes oppgave var å tilpasse den store bygningen i hovedstrømmen av eklektisisme, bygget i 1885 av Petrus (Pierre) Kuypers, for behovene til et museum fra det 21. århundre. Frodig interiør distraherte oppmerksomheten fra utstillingene, det var ikke nok plass til både utstillinger og det tilhørende programmet, det var umulig å ordne den permanente utstillingen etter et enkelt system, og så videre.
Nå er alle utstillingene fra det 12. til det 20. århundre ordnet i en streng kronologisk rekkefølge, etter gulv fra bunn til topp, og kronologien støttes av et fargevalg: malingen på veggene lysner gradvis når den beveger seg oppover og når nesten hvit i hallene til moderne kunst. Samtidig ble alle verkene ordnet på en ny måte, med unntak av det viktigste - "Night Watch" av Rembrandt, som kom tilbake til sin tidligere plass i "Gallery of Honor", hvor verkene til Golden Age of Dutch art vises.
Arkitektene, i henhold til den allerede etablerte ordningen innen museumskonstruksjon, blokkerte to gårdsplasser i bygningen med glastak, og utvidet dem også til nivået på -1 etasje, etter å ha fjernet de senere utvidelsene som okkuperte dem. Så plasserte de et auditorium under den ene gårdsplassen, og en museumsbutikk og en kafé under den andre. Gårdsplassene selv har blitt til romslige offentlige rom som er tilgjengelige selv uten å kjøpe billett. Veggene deres danner museets gårdsplassfasader, og de nye overflatene står overfor lys stein. Antonio Cruz og Antonio Ortiz tok hensyn til feilen til Norman Foster, i hvis gårdsplass på British Museum en hvilken som helst lyd er tydelig hørbar og til og med ekko, så i Rijksmuseum dempes støy av hvite gitter med lydabsorberende materiale hengt fra taket.
Men hovedproblemet for arkitektene var sammenslutningen av de to gårdsplassene i en helhet. Den historiske bygningen har en gang- og syklistkorridor i sentrum av fasaden, som gir rask passering gjennom bygningen. Rekonstruksjonsprosjektet planla å gjøre det til hovedinngangen til museet, forene begge gårdsplassene, men byboerne gjorde opprør, og nå er korridoren bevart i sin opprinnelige form, museet kan nås gjennom fire små innganger, og en underjordisk gang ble lagt under den, som forbinder gårdsplassene med hverandre.
Museet ble stengt for gjenoppbygging i 2003 og skulle åpnes allerede i 2008. Den ti år lange arbeidsperioden forklares med det faktum at man måtte gjøre titaniske anstrengelser for å bygge underjordiske nivåer i den vannfylte jorda i Amsterdam, og det var ingen entreprenører for et så komplekst prosjekt. Arcadis-ingeniører gjorde de nye underjordiske delene av bygningen strukturelt uavhengige av den historiske strukturen, ettersom den sakte avtar. Derfor er bakkekorridoren og "Honor Gallery" som ligger over den underjordiske passasjen mellom gårdsplassene nå blitt omgjort til en "bro" som henger over den. De gravede gropene ble umiddelbart fylt med vann, så de ble hellet med spesiell betong for arbeid under vann, og prosessen ble kontrollert av dykkere.
Budsjettet for prosjektet var 375 millioner euro, men det inkluderer også bygging av en egen paviljong med asiatisk kunst, plassert i sentrum av dammen, tilpasning av parken til en skulpturhage av Copijn Landschapsarchitecten-prosjektet (14.500 m2), byggingen av en serviceinngangsbygning, rekonstruksjonen av den historiske tegneskolen (Teekenschool) som et museumsundervisningssenter, samt byggingen av et museumsverkstedbygg nær Rijksmuseum, fusjonert med en annen Kuypers-bygning - det tidligere instituttet for Sikkerhet og helse.
Men renoveringen av museet er ennå ikke fullført: det holdt åpent så lenge gjenoppbyggingen varte
Philips-fløyen blir nå omgjort til et moderne midlertidig utstillingsområde. Forfatterne av prosjektet er også Cruz y Ortiz.
