Museumskomplekset er et rekonstruert kraftverk fra begynnelsen av 1900-tallet, en murstensstruktur med nyklassisk stukkaturdekorasjon, der de krystallinske formene som er karakteristiske for Libeskind er innebygd. Fra utsiden leser de som kubiske og langstrakte blå volum i rustfritt stål som stikker ut fra bygningens gulv. De er i form av to bokstaver i det hebraiske alfabetet - "hatt" og "iod", som sammen danner mottoet til Libeskinds prosjekt L'Chaim, som betyr "til liv." De er imidlertid bare lesbare hvis du ser på bygningen ovenfra, som er utilgjengelig for den gjennomsnittlige besøkende på museet.
I lobbyen på museet er veggen overfor inngangen foret med uthevede lettelser som danner ordet "pardes", som betyr "Edens hage", og som også symboliserer de fire nivåene av forståelse av Torahen. Men dette elementet i prosjektet oppfattes også med vanskeligheter på grunn av de skarpe svingene i lobbyområdet.
På hovedområdet - det første nivået av komplekset - er det også et auditorium (på taket som et kart over det hellige land er avbildet abstrakt), et utdanningssenter og gallerier. I andre etasje er det administrative lokaler, samt en utstillingshall med samme navn innskrevet i en enorm kube av bokstaven "jod", belyst gjennom 36 mangekantede vinduer.
Libeskind selv understreker forskjellen mellom bygningen i San Francisco og hans jødiske museer i den gamle verden: Den kaliforniske bygningen har ikke preg av Holocaust-katastrofen, som nødvendigvis er til stede i hans europeiske prosjekter. Likevel har språket i Libeskinds arkitektur forble det samme: De skarpe, ødelagte linjene som tidligere symboliserte historisk tragedie, skulle nå representere "himmelens bås" til en blomstrende jødisk diaspora ved Stillehavskysten.
