I 1966 ble Utzon suspendert fra prosjektet på grunn av økonomiske uenigheter han hadde med de australske myndighetene. Arkitektene, som fortsatte byggingen av teatret, flyttet operahuset inne i bygningen, og la også til flere flere auditorier, som i utgangspunktet ikke var planlagt, til prosjektet.
Som et resultat har operahuset hovedhallen middelmådige akustiske kvaliteter på grunn av sin utilstrekkelige størrelse, noen musikere fra hans orkester må sitte på en dybde på 12 m sammenlignet med scenen, og ballerinaer som forlater scenen må forsikres så at de ikke treffer betongveggene: for at de skal kunne stoppe seg selv, rett og slett ikke.
Utzon foreslår nå å senke gulvnivået i hallen med 4 meter ved å bruke plassen til de administrative og tekniske lokalene under den, og for dem, i sin tur, kutte ut nye rom i den steinete sandsteinbunnen som teatret står på. Dette vil forbedre lyden på musikken, og det vil være mer ledig plass bak scenen.
Jorn Utzon selv vil ikke kunne komme fra Danmark til Sydney: 88 år gammel blir det for vanskelig for ham. Hvis myndighetene godkjenner prosjektet, vil sønnen hans Ian overvåke gjennomføringen av prosjektet.
